Naxçıvan Muxtar Respublikası Dövlət Gömrük Komitəsinin sisteminə daxil olan Gömrük Mühafizə Xidməti 2012-ci ildə yaradılıb. Xidmətin fəaliyyət istiqamətlərinə gömrük orqanlarının infrastruktur obyektlərinin və əmlakının qorunmasını, həmçinin, gömrük əməkdaşlarının təklükəsizliyinin təşkili, gömrük nəzarəti zonasının mühafizəsinin həyata keçirilməsi, gömrük orqanlarının vəzifəli şəxslərinin fiziki və döyüş hazırlığının yüksəldilməsi istiqamətində müvafiq tədbirlərin görülməsi kimi vəzifələr daxildir. Gömrük Mühafizə Xidməti Naxçıvan Muxtar Respublikası Dövlət Gömrük Komitəsinin inzibati binasında fəaliyyət göstərir.